第三季的故事开始于第二独立团抵达查尔斯顿后的七个月。在此期间,查尔斯顿成为了新美利坚合众国的首都,并推选Tom Mason为政治领袖。但是,Tom并不是一味地待在办公室处理政务,而是带领军队与外星入侵者进行一次又一次的顽强抵抗。相较于之前的Manchester博士,Tom对待外星人的态度更具侵略性、更加主动。查尔斯顿政府和起义的“突击者”之间形成了不太稳固的联盟关系,Tom让“突击者”留在查尔斯顿与人类一起作战,但也引发了一些人类的不满,两个种族之间的关系也因此变得紧张。在战斗中,“突击者”起义军总是在脸上涂上红黄相间的条纹,以纪念在第二季结尾牺牲的领袖“红眼”。Tom的儿子Ben现在是查尔斯顿政府和“突击者”之间的联络人。无论是人类还是“突击者”,都清楚他们即使联手也很难击败强大的敌人——被第二独立团称为“鱼头”的外星种族Espheni。